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[IDV #CJK-925172]: Problem with NAVGEM model data obtained via NCEP ftp server



Thanks for checking into it. Let me know if you come up with any
solution to the local file reading.

Cheers!

Sean

> Hi Sean,
> 
> Same results. Let's go ahead and close this ticket. I'll plan on using
> thredds for this. In the meantime, I'll continue to tinker and will let you
> know if I have a breakthrough.
> 
> Appreciate the guidance.
> 
> Scott
> 
> 
> address@hidden> wrote:
> 
> > Hi Scott,
> >
> > We cannot reproduce the error you've seen. Do you have any local GRIB
> > tables
> > in your .unidata folder? Would you mind temporarily renaming the .unidata
> > folder and trying again?
> >
> > Sean
> >
> > > Hi Scott,
> > >
> > > The IDV version 3.1 uses a different, older version of netCDF-Java, which
> > > incorrectly handles grib files, so all bets are off on that one :-) IDV
> > 4.0
> > > uses the latest, and tries to do the right thing. The variable names are
> > > horrible, but that is due to the tables we got from FNMOC for NAVGEM.
> > > We are discussing ways to fix the tables, but we don't have a plan yet.
> > We
> > > like to have the people who write out the data be in charge of those
> > tables,
> > > as they are the experts for that particular dataset.
> > >
> > > I'll see if I can hunt down someone here with a Windows 7 box to see if
> > > we can reproduce the errors you are getting. I'll let you know if we find
> > > out anything.
> > >
> > > Cheers,
> > >
> > > Sean
> > >
> > > > Hi Sean,
> > > >
> > > > I can read the variables on the thredds server just fine.
> > > >
> > > > Interestingly, I tried reading those downloaded GRIB files from IDV on
> > a
> > > > linux box (IDV ver 3.1), and I could read the files. However, variable
> > > > output was spaghetti. See screenshot.
> > > >
> > > > BTW...all of the previous errors I was getting came from IDV
> > installations
> > > > on Windows 7 machines.
> > > >
> > > > For the time being, I think I will just use what you guys have posted
> > via
> > > > thredds (once you get those variable names get ironed out :)
> > > >
> > > > Appreciate it,
> > > > Scott
> > > >
> > > >
> > > > address@hidden> wrote:
> > > >
> > > > > Hmmm....can you try to get the data from our THREDDS server? Here is
> > the
> > > > > catalog url to use:
> > > > >
> > > > >
> > > > >
> > http://thredds-test.ucar.edu/thredds/catalog/grib/FNMOC/NAVGEM/Global_0p5deg/files/catalog.xml
> > > > >
> > > > > We just got this up yesterday.
> > > > >
> > > > > Sean
> > > > >
> > > > > > Hi Sean,
> > > > > >
> > > > > > Thanks for the suggestions. Alas, no luck. Tried this on a couple
> > > > > different
> > > > > > machines with the same results. Used a standalone version of the
> > > > > software,
> > > > > > also (see screenshot).
> > > > > >
> > > > > > Scott
> > > > > >
> > > > > >
> > > > > > address@hidden> wrote:
> > > > > >
> > > > > > > Hi Scott,
> > > > > > >
> > > > > > > I am able to open the files using the IDV webstart. I wonder if
> > it
> > > > > would
> > > > > > > help to remove all IDV webstart instances from your machine and
> > start
> > > > > > > with a fresh download?
> > > > > > >
> > > > > > > Sean
> > > > > > >
> > > > > > > > Hi Sean,
> > > > > > > >
> > > > > > > > Thanks. I've got the files sitting in a local temp directory.
> > When I
> > > > > try
> > > > > > > > that, I get
> > > > > > > > There was an error loading the data:
> > > > > > > > Error creating data source:aggregated.netcdf.grid with:
> > > > > > > > [C:\Temp\metdat\navgem_2013031800f000,
> > > > > > > > C:\Temp\metdat\navgem_2013031800f003,
> > > > > > > > C:\Temp\metdat\navgem_2013031800f006]
> > > > > > > > Grid data source failed making data set:
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > C:\Users\scott.stephens.NCDC\.unidata\idv\DefaultIdv\tmp\multigrid_2c8c6525-a211-414b-b1cf-57923467017b0.ncml
> > > > > > > > Cant read file:/C:/Temp/metdat/navgem_2013031800f003:
> > > > > > > > not a valid CDM file.
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > I am using the WebStart version of IDV (vs the standalone
> > software) .
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > Details below. Thanks,
> > > > > > > > Scott
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > --------
> > > > > > > > java.io.IOException: Cant read
> > > > > > > file:/C:/Temp/metdat/navgem_2013031800f003:
> > > > > > > > not a valid CDM file.
> > > > > > > > at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:776)
> > > > > > > > at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:395)
> > > > > > > > at
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.openOrAcquireFile(NetcdfDataset.java:687)
> > > > > > > > at
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.openDataset(NetcdfDataset.java:418)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.readNcML(NcMLReader.java:409)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.access$100(NcMLReader.java:60)
> > > > > > > > at
> > > > > ucar.nc2.ncml.NcMLReader$NcmlElementReader.open(NcMLReader.java:1415)
> > > > > > > > at
> > > > > ucar.nc2.ncml.NcMLReader$NcmlElementReader.open(NcMLReader.java:1403)
> > > > > > > > at
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.acquireFile(NetcdfDataset.java:619)
> > > > > > > > at
> > > > > ucar.nc2.ncml.Aggregation$Dataset.acquireFile(Aggregation.java:634)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.nc2.ncml.AggregationExisting.buildNetcdfDataset(AggregationExisting.java:74)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.Aggregation.finish(Aggregation.java:404)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.readNetcdf(NcMLReader.java:492)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.readNcML(NcMLReader.java:437)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.readNcML(NcMLReader.java:252)
> > > > > > > > at ucar.nc2.ncml.NcMLReader.readNcML(NcMLReader.java:202)
> > > > > > > > at
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.acquireNcml(NetcdfDataset.java:841)
> > > > > > > > at
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.openOrAcquireFile(NetcdfDataset.java:680)
> > > > > > > > at
> > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.openDataset(NetcdfDataset.java:418)
> > > > > > > > at
> > > > > ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.acquireDataset(NetcdfDataset.java:513)
> > > > > > > > at ucar.nc2.dt.grid.GridDataset.open(GridDataset.java:104)
> > > > > > > > at ucar.nc2.dt.grid.GridDataset.open(GridDataset.java:90)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.data.grid.GeoGridDataSource.doMakeDataSet(GeoGridDataSource.java:1113)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.data.grid.GeoGridDataSource.getDataset(GeoGridDataSource.java:1135)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.data.grid.GeoGridDataSource.initAfterCreation(GeoGridDataSource.java:499)
> > > > > > > > at
> > > > > ucar.unidata.data.DataManager.createDataSource(DataManager.java:1597)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.IntegratedDataViewer.createDataSource(IntegratedDataViewer.java:1980)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.IntegratedDataViewer.makeDataSource(IntegratedDataViewer.java:1897)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.IntegratedDataViewer.makeDataSource(IntegratedDataViewer.java:1831)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.IntegratedDataViewer.makeDataSource(IntegratedDataViewer.java:1804)
> > > > > > > > at
> > > > > > >
> > ucar.unidata.idv.chooser.IdvChooser.makeDataSource(IdvChooser.java:943)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.chooser.FileChooser.selectFilesInner(FileChooser.java:656)
> > > > > > > > at
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.chooser.FileChooser.selectFiles(FileChooser.java:525)
> > > > > > > > at
> > > > > > > >
> > > > >
> > ucar.unidata.idv.chooser.FileChooser.doLoadInThread(FileChooser.java:547)
> > > > > > > > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
> > > > > > > > at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)
> > > > > > > > at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown
> > Source)
> > > > > > > > at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source)
> > > > > > > > at ucar.unidata.util.Misc$2.run(Misc.java:1221)
> > > > > > > > at ucar.unidata.util.Misc$3.run(Misc.java:1249)
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > SS
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > address@hidden> wrote:
> > > > > > > >
> > > > > > > > > Greetings Scott,
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > I was able to view the following files after downloading
> > > > > > > > > them from the ftp server:
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > navgem_2013031800f000
> > > > > > > > > navgem_2013031800f003
> > > > > > > > > navgem_2013031800f006
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > In the Data Chooser, I selected the three files and use the
> > > > > > > > > Data Source Type "Aggregate Grids by Time". Which files
> > > > > > > > > were you trying to view and how were you trying to open
> > > > > > > > > them in the IDV?
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Cheers,
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Sean
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Full Name: Scott Stephens
> > > > > > > > > > Email Address: address@hidden
> > > > > > > > > > Organization: NOAA/NCDC
> > > > > > > > > > Package Version: 4.0 build date:2013-03-07 17:58 UTC
> > > > > > > > > > Operating System: Windows 7
> > > > > > > > > > Hardware: Java: home: C:\Program Files\Java\jre6 version:
> > > > > 1.6.0_43
> > > > > > > > > j3d:1.5.2 fcs (build4)
> > > > > > > > > > Description of problem: There was an error loading the
> > data:
> > > > > > > > > > java.lang.StackOverflowError
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > ---------------------------------------------------------------
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > IDV appears to be unable to decode this GRIB2 data:
> > > > > > > > > > ftp://ftpprd.ncep.noaa.gov/pub/data/nccf/com/fnmoc/prod/
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > http://www.nws.noaa.gov/om/notification/tin13-05nogaps_navgem.htm
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Thanks in advance for any suggestions/thoughts.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > ******************
> > > > > > > > > > Stack trace:
> > > > > > > > > > java.lang.StackOverflowError
> > > > > > > > > > at sun.util.calendar.ZoneInfo.getOffsets(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.GregorianCalendar.computeFields(Unknown
> > Source)
> > > > > > > > > > at java.util.GregorianCalendar.computeFields(Unknown
> > Source)
> > > > > > > > > > at java.util.Calendar.setTimeInMillis(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.Calendar.setTime(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.SimpleDateFormat.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.SimpleDateFormat.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.DateFormat.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.Format.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.MessageFormat.subformat(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.text.MessageFormat.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.logging.SimpleFormatter.format(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.logging.StreamHandler.publish(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.logging.ConsoleHandler.publish(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at java.util.logging.Logger.log(Unknown Source)
> > > > > > > > > > at
> > > > > org.slf4j.impl.JDK14LoggerAdapter.log(JDK14LoggerAdapter.java:579)
> > > > > > > > > > at
> > > > > > >
> > org.slf4j.impl.JDK14LoggerAdapter.warn(JDK14LoggerAdapter.java:421)
> > > > > > > > > > at
> > > > > > > > >
> > > > > > >
> > > > >
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> > ucar.nc2.grib.grib1.Grib1RecordScanner.next(Grib1RecordScanner.java:198)
> > > > > > > > > > at
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Ticket Details
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Ticket ID: CJK-925172
Department: Support IDV
Priority: Normal
Status: Closed